Durante el Horizonte Temprano la región estuvo asimilada por la
Cultura Pucará; en el Horizonte Medio, por la
Cultura Tiahuanaco. Después dominaron los reinos aymaras. Con los años, toda la región quedó bajo el poder del
Tawantinsuyo. Alrededor de
1540, más o menos, legaron los primeros
españoles en busca de tierras para establecerse. Uno de los
trece de la isla del Gallo, Juan de la Torre, capitaneó la dominación entre las montañas de Huaynaputina y Tixan. Con la fundación de la ciudad de Moquegua (
1541) se creó, al mismo tiempo, el
puerto de Ilo; allí en
1713, se establecieron varios molinos para elaborar el
trigo de la región. Moquegua se distinguió en la lucha por la
independencia y por este motivo se le dio el título de ciudad (
9 de enero de
1823).
Un prócer moqueguano, el
mariscal Domingo Nieto, peleó con valentía en las batallas de
Junín y
Ayacucho. Posterior a la Independencia del Perú, la división administrativa del país se conservó al de la colonia con mínimos cambios, es así como Moquegua paso de formar uno de los Repartimientos de la Intendencia de Arequipa a ser una de las siete Provincias del Departamenmto de Arequipa, situación que se conservó hasta la década de 1830, en que a causa de las disputas internas del Perú y del intervencionismo boliviano de Santa Cruz en la política del Perú y de la formación de la Conferedarcioón Perú-boliviana, los pueblos de Moquegua, Locumba, Tacna y Arica se pronuncian a favor de integrarse a las provincias altoperuanas. Sin embargo se dispone que se cree un nuevo Departamento en el Perú del Sur, el llamado
Departamento Litoral con las entonces provincias arequipeñas de
Arica y
Tarapacá.
Una vez disuelta la confederación, se disuelve este nuevo departamento, al que posteriormente se reorganiza agregándole la
Provincia de Moquegua, pasando a denominarse Departamento de Moquegua. Durante la
Guerra del Pacífico la región soportó la incursión
chilena, que arrasó con
personas e inmuebles. Con todo, hasta hoy permanece intacta la belleza de sus paisajes y la amable calma de sus pobladores.
